一、重金屬中毒
蜂膠是蜜蜂采集樹脂并加入自身的腺體分泌物而形成的，加上蜂農在給巢框安裝巢礎時多用鉛絲，因此在蜂膠中或多或少存在一些重金屬如鉛、砷等，雖然成品蜂膠在到達消費者手中之前會經過提純處理，但并不能完全去除里面的重金屬，若短期內適量服用不會危害健康，假如長期過量服用則可能積少成多而導致重金屬中毒。
二、導致過敏
蜂膠的成分極為復雜，極小部分人群可能對蜂膠有過敏反應，這類人群內服時可能導致粘膜充血水腫及哮喘等，外用則可能引起接觸性皮炎，因此在使用蜂膠前要進行過敏測試，同時市場上的蜂膠產品絕大多數為蜂膠膠囊或蜂膠液，在加工這些蜂膠產品時多會用到乙醇(酒精)，因此部分對酒精過敏的人群也可能出現過敏反應。
三、擾亂內分泌
蜂膠中最具代表性的成分是黃酮類化合物，事實上蜂膠的很多功效也源于黃酮類化合物，但黃酮類化合物具有雌激素的雙重調節作用，若適量服用可以調節內分泌，假如長期過量或不當服用蜂膠則可能導致人體內激素代謝和內分泌功能的紊亂，進而引發其他更為嚴重的健康問題，因此服用蜂膠時一定要嚴格按照要求定量服用。
四、孕婦禁服
蜂膠中含有一定量的激素或類激素成分，比如蜂膠中富含的黃酮類化合物就與雌激素的結構類似，孕婦在服用蜂膠后會打亂體內激素平衡，進而可能出現宮縮等情況，輕者影響胎兒的正常發育，重者甚至可能導致流產，同時蜂膠中含有的其他激素成分對胎兒的生長和發育也極為不利，因此孕婦最好不要服用蜂膠及含蜂膠產品。
五、嬰幼兒慎服
蜂膠最為顯著的功效是增強機體免疫能力，但這是針對免疫系統已經完善的成年人而言的，嬰幼兒尤其是不滿一周歲的嬰兒免疫系統尚不完善，如果服用蜂膠不但不能增強機體免疫能力，而且可能會影響免疫系統的完善和正常運作，同時嬰幼兒的皮膚過于細嫩，也盡量不要外用蜂膠，若一定要使用則應該將蜂膠稀釋后再使用。
六、切勿過量
蜂膠雖然有著極好的保健功效，但也不能長期過量服用，首先蜂膠中的重金屬根本無法徹底去除，只能將其控制在規定的標準以下，假如長期過量服用勢必會導致重金屬堆積，從而出現重金屬中毒的情況，其次蜂膠中含有很多激素或類激素成分，長期過量服用則可能導致內分泌絮亂，進而會因內分泌失調而引發其他健康問題。
總結：世界上沒有絕對好或絕對壞的東西，任何再好的東西都有不利的一面，對于蜂膠來說也不例外，關鍵是要看如何去用，用好了對健康的好處極為明顯，但如果用錯了對健康的危害也是極大的。
